商贸公司上税的一般流程如下：
税务登记与税种鉴定
商贸公司首先需要携带税务登记证、营业执照、银行开户许可等相关文件，到公司的税务专管员处进行报到并进行税种鉴定。国地税都需要报到。
增值税申报
增值税一般纳税人按销售额的17%计算销项税额，按购入货物取得准予抵扣的项目计算进项税额，按照公式计算应纳税额：应纳税额 = 销项税额 - 进项税额。小规模纳税人则按不含税销售额的3%计算缴纳增值税。
附加税费申报
城建税、教育费附加和地方教育费附加分别按照增值税的一定比例缴纳。具体比例根据当地实际执行的税率而定，例如城建税为增值税的7%，教育费附加为增值税的3%，地方教育费附加为增值税的1%。
个人所得税申报
个体工商户按经营所得缴纳个人所得税，实行5%-35%的超额累进税率。查账征收的个体工商户需要按营业收入交5%的营业税（营业税已退出历史，不再征收），附加税费包括城建税、教育费附加和地方教育费附加，以及按个体工商户经营所得缴纳个人所得税。
企业所得税申报
企业所得税按照应税所得的25%缴纳。企业需要查看税局给出的企业所得税核定书，确定缴纳地点和税率，并进行预缴和年终汇算清缴。
其他税种申报
根据具体情况，商贸公司可能还需要申报其他税种，如印花税、个人所得税（由员工负担，但由企业代扣代交）等。
抄税与报税
商贸公司需要定期进行抄税和报税。抄税后必须清卡，才算完成报税过程。可以通过网上申报或到国税窗口办理，确保在纳税申报期内完成申报。
税务筹划与风险管理
商贸企业可以通过合理的税务筹划，优化税收结构，提高经济效益。同时，企业也需要关注税务风险管理，避免因税务违规行为而引发的法律风险和经济损失。
建议商贸公司严格按照上述流程进行税务申报，确保税务合规，避免不必要的法律和经济损失。