公司社保的扣款方式主要有以下几种：
银行代扣代缴
参保单位需到当地社保局办理银行代扣业务，并开通社会保险网上服务系统。银行将根据社保局提供的应缴费信息自动从公司账户或员工工资中扣除相应款项。
员工需每个月往绑定的银行卡存钱，银行会直接进行扣款。
公司直接扣除
用人单位也可以直接根据员工的工资总额和国家规定的社保缴纳比例，从公司账户中扣除社保费用。
网上申报与银行征收
参保单位可以通过社会保险网上服务系统进行缴费、增减员等申报业务，并通过网上银行完成社会保险费的征收。
建议
为确保社保扣款的顺利进行，建议公司及时与当地社保局沟通，了解具体的扣款流程和规定，并确保员工工资中包含足够的社保费用，以便银行能够顺利进行代扣代缴。同时，公司也应定期向员工提供社保缴纳明细，以增加透明度并确保员工的知情权。