在公司注销国税时，主要会检查以下几个方面：
增值税的申报纳税情况：
包括是否按时足额缴纳了增值税，是否存在偷漏税行为，以及增值税发票的使用情况等。
所得税的汇算清缴情况：
企业需要进行注销前的汇算清缴，确保没有欠税或大额不明账款。这通常需要提供由会计师事务所出具的清算报告和汇算清缴报告。
存货和发票使用情况：
税务局会核查公司账面上的存货与实际库存是否相符，以及发票的开具是否符合企业经营范围和日常经营需求。
合同和上下游账簿：
会查询企业签订的合同内容，以及上下游企业针对同一笔交易的入账情况，确认是否存在异常交易。
资金流：
以结算方式为出发点，查询资金流向是否真实，是否存在无真实资金流或资金流异常回流的情况。
个人所得税和印花税：
检查企业是否按时足额缴纳了个人所得税和印花税，特别是老板从公司借款未归还的情况。
其他应收应付账款：
账面上是否有应收应付账款，特别是期限长、金额大的账款，需要进行清晰处理。
税务合规性：
确认企业是否存在其他税务违规行为，如虚开发票等。
清税证明：
在注销税务证前，企业需要获得税务部门的清税证明，确保所有税款和费用都已结清。
建议企业在注销前仔细自查，确保所有税务事项都已妥善处理，避免因税务问题影响注销程序的顺利进行。