员工股份的来源主要有以下几种：
公司回购专用证券账户已回购的公司A股普通股股票。这是最常见的股份来源方式，员工持股计划通过公司回购的股票进行购买，从而间接持有公司股票。
定向增发。员工持股计划可以参与公司非公开发行的股票，即定向增发。这种方式需要监管部门审批，且认购的定增股份需要锁定3年才可解锁买卖。
二级市场回购。包括集中竞价、大宗交易和协议转让等方式，员工持股计划可以通过这些方式在二级市场上购买公司股票。
回购过户。公司回购的股票在过户给员工持股计划时，也可以视为一种股份来源。
股东赠与。公司股东可以将自己的部分股权作为赠与，参与员工持股计划。这种方式涉及股份支付费用和个税问题，优势不明显。
创始人出让股权并代持。在有些情况下，创始人会出让一部分股权放入预留期权池，未来再发放给员工。这种方式需要代持，并且可能涉及税务问题。
大股东减持的股票。大股东也可以拿出自己的部分股权给员工，作为员工持股计划的股份来源。
公司新增的股票。公司有时也会通过增发新股的方式来实施员工持股计划。
员工出资购买。员工可以直接出资购买公司股份，记入公司的股权登记。
奖励方式。员工可以通过不出资或少出资的方式取得公司股份，通常是通过公司内部的奖励机制来实现。
这些来源方式各有优缺点，公司在选择员工持股计划的股份来源时，会根据自身的财务状况、员工激励需求以及法律法规的要求来综合考虑。