日本南山大学在多个专业领域都有较强的实力，以下是其中一些重点专业：
人文学部：
包括基督教学科、人类文化学科、人类心理学科、日本文化学科、外国语学部（包括英美学科、西班牙及拉美学科、法国学科、德国学科、亚洲学科）。
经济学部：
包括经济学科。
经营学部：
包括经营学科。
法学部：
包括法律学科。
综合政策学部：
包括综合政策学科。
情报理工学部：
包括软件工学科、系统创成工学科、信息系统数理学科。
人类文化研究科：
涵盖人类文化、宗教思想、语言学等多个专业领域。
国际地域文化研究科：
专注于国际地域文化的研究。
经济学研究科：
提供经济学专业的博士前期和后期课程。
商务研究科：
包括经营学专业的博士前期和后期课程，以及商务专业。
综合政策研究科：
专注于综合政策的研究。
数理情报研究科：
涵盖信息系统和数学科学等领域。
这些专业在教学和研究方面都有较高的水平，并且提供了丰富的课程和实习机会，有助于学生获得实际工作经验和全球视野。建议根据个人兴趣和职业规划，选择最合适的专业进行深入学习。