工程审计可以由以下单位进行：
政府审计机关：
依据《审计法》，省、自治区、直辖市、设区的市、自治州、县、自治县、不设区的市、市辖区的人民政府的审计机关负责其行政区域内的工程审计工作。
企事业单位内部审计机构：
企业单位一般由工程部（基建部分）和财务（审计）部分负责工程审计。
社会审计组织：
包括会计师事务所等中介机构，它们可以被委托进行工程审计，尤其是非政府性投资的建设项目或规模较大、涉及利害关系人较多的项目。
建设单位或施工方共同委托的第三方审计：
有些情况下，工程审计会由建设方和施工方共同委托给社会上的第三方审计机构。
综上所述，工程审计可以由不同的单位进行，具体取决于项目的性质、规模以及委托方的需求。